Nesta área originalmente desabitada (o Ager Vaticanus), do lado oposto do rio Tibre na cidade de Roma, Agripina (14 a.C. - 18 de outubro de 33 d.C.) drenou o morro e arredores e construiu seus jardins no início da século I d.C..

O imperador Calígula (37-41) iniciou a construção de um circo (40 d.C.), que mais tarde foi completada por Nero, o Circus Gaii et Neronis, mais conhecido simplesmente como o Circo de Nero.

O obelisco do Vaticano foi originalmente tomado por Calígula a partir de Heliópolis, Egito, para decorar a coluna de seu circo e é, portanto, o seu último vestígio visível.

Esta área se tornou o local do martírio de muitos cristãos, depois do Grande incêndio de Roma, em 64 d.C. A tradição antiga afirma que foi nesse circo que São Pedro foi crucificado de cabeça para baixo.

Em frente ao circo havia um cemitério, sendo separados pela Via Cornelia. Monumentos funerários, mausoléus e túmulos, bem como pequenos altares a deuses pagãos de todos os tipos de religiões politeístas, eram construídos até a construção da Basílica de Constantino de São Pedro, na primeira metade do século IV. Os vestígios desta antiga necrópole foram trazidos à luz esporadicamente durante renovações por vários papas ao longo dos séculos, aumentando sua frequência durante o Renascimento, até que foram sistematicamente escavadas por ordem de Papa Pio XII entre 1939-1941.

Em 326, a primeira igreja, a Basílica de Constantino, foi construída sobre o local onde os primeiros católicos romanos (desde o primeiro século da era cristã), bem como arqueólogos italianos, afirmam que foi o túmulo de São Pedro, enterrado em um cemitério comum no local. A partir de então a área começou a se tornar mais populosa, mas a maioria apenas por habitações ligadas à atividade de São Pedro.

Um palácio foi construído próximo ao local da basílica já no principio do século VI, durante o pontificado de Papa Símaco, que foi papa no período de 498-514.

Durante um período de quase mil anos, que teve início no império de Carlos Magno no século IX, os papas reinavam sobre a maioria dos Estados temporais do centro da península Itálica, incluindo a cidade de Roma, e partes do sul da França. Pela maior parte deste tempo o Vaticano não foi a residência habitual dos Papas, mas o Palácio de Latrão, e nos últimos séculos, o Palácio do Quirinal, enquanto a residência entre 1309-1377 foi em Avinhão, na França.

As terras tinham sido doadas em 756 por Pepino, o Breve, rei dos francos.

Durante o processo de unificação da península, a Itália gradativamente absorveu os Estados Pontifícios.

Em 1870, as tropas do rei Vítor Emanuel II entram em Roma e incorporam a cidade ao novo Estado. Em 13 de março de 1871, Vítor Emanuel II ofereceu como compensação ao Papa Pio IX uma indenização e o compromisso de mantê-lo como chefe do Estado do Vaticano, um bairro de Roma onde ficava a sede da Igreja.¹⁵ O papa porém, recusou-se a reconhecer a nova situação e considerou-se prisioneiro do poder laico. Além disso, proibiu os católicos italianos de votar nas eleições do novo reino.

Essa incómoda questão de disputas entre o Estado e a Igreja, chamada Questão Romana só terminou em 11 de fevereiro de 1929, quando o Papa Pio XI assina o Tratado de Latrão com o ditador fascista Benito Mussolini, aceitando a proposta que anteriormente havia sido negada pela papa Pio IX, pelo qual a Itália reconhece a soberania da Santa Sé sobre o Vaticano, declarado Estado soberano, neutro e inviolável.

Em 12 de fevereiro de 2009 Bento XVI participou das comemorações pelo 80º aniversário da fundação do Estado da Cidade do Vaticano. A RTE Orchestra acompanhada pela Our Lady's Choral Society, ambas de Dublín (Irlanda), interpretaram o oratório O Messias de Georg Friedrich Händel na "Aula Paulo VI". No final o Papa pronunciou um breve discurso dizendo que "se tratava de um pequeno território para uma grande missão".